Su ürünleri işleme teknolojisi alanındaki sorunların çözümüne bilimsel bakış açısıyla yaklaşan sektör ile işbirliğini geliştiren, ülke ekonomisine katkıda bulunan uzman bireyler yetiştirmek.
Su ürünlerinin hasadından tüketimine kadar olan tüm aşamalarda çok yönlü bilimsel araştırmalar yoluyla modern ve yeni teknolojileri kullanmak, geliştirmek, günümüz teknolojilerini ülkemiz koşullarına uyarlamak, bu sayede bilim dünyasına ve sektöre öncülük etmektir. Uluslararası standartlarda, düşünmeye ve irdelemeye yatkın, donanımlı lisansüstü düzeyde eğitim vermektir.
İstanbul Üniversitesi Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliğine göre; ALES veya eşdeğeri sınav notu, yabancı dil notu, yüksek lisans dersleri not ortalaması ve mülâkat sonuçları, Yönetmelikte belirtilen asgari notlardan az olmamak üzere ilgili enstitü yönetim kurulunun teklifi ve Senato kararıyla belirlenir.