| 1 |
Molekül Fiziğinde Dinamik Simülasyonun önemi |
| 2 |
Moleküler dinamiğin klasik fizik temeli |
| 3 |
Moleküler dinamikte termostat ve barostat kavramı (Andersen ve Nose-Hoover termostatları, Parrinello-Rahman barostatı) |
| 4 |
Moleküler dinamik simülasyonlarında kullanılan kuvvet alanları (GROMOS,CHARMM,OPLS) ve su tipleri (SPC,TIP3P, TIP4P) |
| 5 |
Topluluklar (NVE,NVT,NPT) |
| 6 |
Ab initio moleküler dinamik |
| 7 |
Kaba taneli modelleme |
| 8 |
Arasınav |
| 9 |
Molekül fiziğinde dinamik simülasyonlar için kullanılan yazılımlar ve farkları |
| 10 |
Moleküllerin dinamik simülasyona hazırlanması (3 boyutlu yapının tanıtılması, kuvvet alanı ve su tipi seçimi) |
| 11 |
Moleküllerin dinamik simülasyona öncesi sistem dengeleme |
| 12 |
Enerji minimizasyonu ve Steepest Descent Algoritması |
| 13 |
Molekül fiziğinde moleküler dinamik simülasyon uygulamaları |
| 14 |
Simülasyon boyunca enerji değişimlerinin ve 3 boyutlu yapının incelenmesi |
